如果住院不按规定办理新农合转诊相关手续，新农合是有权不予以报销。
基本全国各地新农合县外住院都必须开转诊证明，一般要求患者在住院前或住院后3日内办理手续，到参合地县（区）级新农合机构开。
如果是从县医疗机构转出的，由转出医疗机构出具《县外医疗机构转诊申请表》或转诊证明、户口簿（身份证）、合作医疗证、准生证到县（区）级新农合机构审批，审批完到相应的医疗机构住院。
如果直接到县外医疗机构住院，由所住医院出具诊断证明书（住院证）、户口簿（身份证）、合作医疗证、准生证在住院后3日内到本县（区）新农合机构审批，并开具转诊证明，出院后所住医院如果是即时结报医疗机构直接在本院报销，如果不是，则持相关出院报销资料到本县（区）新农合机构报销。
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法律依据

《中华人民共和国社会保险法》第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。