明嘉靖四十二年(1563)四月平海卫奏捷之后，戚继光又率部先后在连江马鼻岭和宁海肖石岭歼灭倭寇各一部，福建倭寇暂告平息。为加强福建水陆防务，以为长治久安之策，谭纶与戚继光议定御倭方案，上报朝廷，采取了一系列防务措施：

一、 陆上防御：戚继光将6400人的军队分为8营，按北、中、南3路设防，3路部队各统兵2营，分驻福宁、福清和漳州、泉州，自率2营兵力作为机动，还派兵一部防卫省城福州。

二、海上防御：恢复以前废弃的烽火门、南日山、浯屿、铜山、小埕等沿海水寨，将修好的92艘兵船分配各寨，并增拨器械、火药和粮饷。倭寇不甘心失败，又于十月间聚合2.7万余人大举入侵，计划先以1.5万人劫掠仙游，来春再犯省城福州。

十月上旬，倭寇舰船先后入犯台山、福宁三沙和闾间澳、万安连盘澳、平海卫后潘澳等地。戚继光令各水寨、各路把总奋力抗击,取得了多次胜利，但未能从根本上阻止倭寇对福建的进犯。为加强对抗倭的军事领导，十一月，明廷任命戚继光为总兵官，领导福建全省并浙江金、温二府，负责水陆军务。十一月初一，倭寇乘船16艘进犯兴化府青山巡检司石城澳，然后继续南下。三日，倭又乘船5艘于连江东岱澳登陆南窜。六日，倭寇1万余人分屯仙游四门外城，包围仙游。当时，仙游城内驻兵200人左右，另有民兵250人，即使将戚部在闽兵力集中起来，也仅为倭寇兵力之半。根据这一形势，戚继光决定先取守势，确保仙游，待明军兵力集中后，再主动进攻倭寇。